Akatsuki ist eine weit verbreitete Organisation, deren Mitglieder durchgehend zwischen den Reichen hin- und herreisen. Ihre zahlreichen Agenten sind in vielen Dörfern auf der ganzen Welt tätig. Diese Agenten arbeiten jeweils für einzelne Mitglieder, und das aus verschiedensten Gründen: Sasori hat einige Agenten in einem Zustand der Gedankenkontrolle, um sie als Spione einzusetzen. Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten, die sich um seine Finanzen kümmern. Weil die einzelnen Mitglieder oft weit von einander entfernt sind, ist ein persönliches Treffen nur schwer möglich. Dafür können sie über eine Form der Telepathie miteinandeinander kommunizieren.
Mitglieder von Akatsuki arbeiten grundsätzlich in Zweier-Teams. Die Teams werden erstellt, um die einzelnen Fähigkeiten und Talente der Mitglieder zu vervollständigen und ein perfektes Duo zu kreieren. Hidan und Kakuzu nutzen zum Beispiel Hidans Unsterblichkeit zu ihrem Vorteil, indem Kakuzu Fernkampfangriffe auf jene einsetzt, die von Hidan in einen Nahkampf verwickelt werden. Hidan überlebt diese Angriffe, was für die Gegner fatal ist. Interessant ist die Gegensätzlichkeit der jeweiligen Partner: Der ruhige Itachi Uchiha arbeitet mit dem hitzköpfigen Kisame Hoshigake, der religiöse Hidan mit dem materialistischen Kakuzu. Zwischen vielen Teams findet man solche Gegensätze, die sie einem als Mensch und nicht als Verbrecher zeigen. Zetsu bildet eine Ausnahme, denn er arbeitet immer alleine. Auch ein Mitglied, dessen Partner verstorben ist, arbeitet alleine, bis ihm ein neuer Partner zugeteilt wird. Die Mitglieder entwickeln eine Art Beziehung zu ihren Partnern, die etwas wie Loyalität zu ihm schafft. Allerdings kümmern sich die Mitglieder nicht um die Schicksale ihrer Partner, ihr Interesse gilt dann lediglich dem, der stark genug war, ihn zu töten.
Ferner sollen laut dem Raikage Gerüchte die Runde machen, dass die Gründung Akatsukis in Kirigakure stattgefunden hat.
Die Mitglieder von Akatsuki tragen alle die gleiche Kleidung: Ein langer, schwarzer Mantel mit roten Wolken und roter Innenseite, welcher einen kinnhohen Kragen hat. Außerdem tragen alle Mitglieder Nagellack in verschiedenen Farben auf Finger- und Zehennägeln. Wenn sie sich auf eine Mission begeben, tragen sie große kegelförmige Strohhüte mit kleinen herabhängenden Glöckchen und Bändern, um ihr Gesicht zu verdecken. Doch sobald sie entdeckt oder erkannt werden, legen sie ihre Hüte ab. Sie tragen weiterhin die Stirnbänder ihrer Heimatdörfer, haben allerdings einen Kratzer durch das gesamte Dorf-Symbol gezogen. Dadurch zeigen sie, dass sie die Verbindung zu ihren Dörfern abgebrochen haben und keinerlei Loyalität mehr zu ihrer Heimat besitzen. Allerdings tragen nicht alle Mitglieder ihre Stirnbänder sichtbar.
Jedes Mitglied von Akatsuki trägt einen einzelnen, einzigartigen Ring und kein Mitglied trägt seinen Ring auf dem gleichen Finger wie ein anderes Mitglied. Insgesamt gibt es zehn Ringe und jeder hat eine spezielle Bedeutung. Als Orochimaru die Organisation verließ, nahm er seinen Ring mit und dieser wurde seitdem nicht ersetzt. Jeder Ring hat als Symbol den ersten Kanji seines Namens.
