Kekkei Genkai (血継限界, dt. etwa "Blutvererbungsbegrenzung") sind in einem Clan vererbte Fähigkeiten, was bedeutet, dass kein Außenstehender sie kopieren oder erlernen kann, da der genetische Code dieser Fähigkeiten nur vererbt wird. Allerdings gibt es Menschen, welche sich ein SharinganSharingan oder Byakugan transplantieren ließen. Kakashi Hatake bildet bisher die einzige Ausnahme, da er sein linkes Auge bei einer Mission verloren hat und später das Sharingan von Obito Uchiha bekam. Kakashi, Danzō und Ao bilden bisher die einzigen Ausnahmen. Kakashi erhielt das Sharingan von Obito Uchiha, da er sein linkes Auge bei einer Mission verlor. Danzōs Sharingan stammen von Shisui Uchiha und anderen unbekannten Uchiha, Ao erhielt sein Byakugan nach einem Kampf gegen ein Mitglied des Hyūga-Clans.
Yamato ist ebenfalls eine Ausnahme, er bekam jedoch kein Dōjutsu, sondern die DNA des Ersten Hokage, wodurch er in der Lage ist, Doton und Suiton zu Mokuton zu vereinen.
Kekkei Genkai werden immer dominant weitergegeben, da jedes Mitglied einer jeden Generation das clanspezifische Kekkei Genkai besitzt. Man weiß nicht, wie Kekkei Genkai entstehen. Es haben außerdem nicht alle Clans ein claneigenes Kekkei Genkai.
Die Bedeutung der Kekkei Genkai früher
Zur Zeit der großen Bürgerkriege, welche stark im Reich des Wassers stattfanden, wurden Shinobi mit Kekkei Genkai eingesetzt, um den jeweiligen Parteien einen Vorteil im Kampf zu verschaffen. Dadurch erhielten sie einen schlechten Ruf als Unheilbringer und wurden wegen ihrer zum Teil abnormalen Fähigkeiten für Monster gehalten, was die "normalen" Menschen dazu veranlasste, Menschen mit Kekkei Genkai zu jagen und zu töten. In der heutigen Zeit hat sich die Einstellung gegenüber den Menschen mit Kekkei Genkai zwar zum Positiven geändert, allerdings werden sie in einzelnen Landstrichen immer noch gejagt und getötet.
Kekkei Genkai gibt es schon seit der Gründung der Ninja-Welt durch den Rikudō Sennin, der das Rinnegan besaß. Allerdings wurden sie nicht immer für gut befunden.
Bisher bekannte Kekkei Genkai
Sharingan / Mangekyō Sharingan
Dōjutsu
Uchiha-Clan
Sasuke, Itachi, Kakashi, Obito, Fugaku, Tekka, Yashiro, Tobi/Madara, Danzō, Shisui, Izuna
Byakugan
Dōjutsu
Hyūga Clan
Hanabi, Hiashi, Hinata, Hizashi, Neji, Kō, Ao
Rinnegan
Dōjutsu
Kein Clan bekannt
Pain, Rikudō Sennin
Ranmarus Dōjutsu
Dōjutsu
Kein Clan bekannt
Ranmaru
Hyōton
Element-Verbindung
Suiton und Fūton
Hakus Clan
Haku, Hakus Mutter
Mokuton
Element-Verbindung
Doton und Suiton
Senju-Clan
Hashirama Senju, Yamato, Danzō
Shikotsumyaku
Ninjutsu
Kaguya-Clan
Kimimaro
