Generell wird das Chakra nun nicht einfach wahl- und ziellos an die Umgebung abgegeben, sondern muss in gewisse Bahnen gelenkt oder fokussiert werden, um den gewünschten Effekt zu erzielen. Hierzu stehen dem Shinobi zwei grundsätzliche Methoden zur Verfügung, die Gestalt- und die Elementmanipulation des Chakra. Bei der Ausführung eines regulären Jutsu sind beide Methoden bereits ein integraler Bestandteil der Technik und werden automatisch mitangewendet, die Fokussierung des Chakra findet auch unter Anderem durch die Verwendung der Fingerzeichen statt.
Chakra ist normalerweise eine recht flüchtige Energie, die schnell verfliegt, jedoch kann der Ninja Einfluss auf sie nehmen, nachdem er gelernt hat, den Chakrafluss im Körper zu regulieren (チャクラ調節, Chakra control) und das Chakra gezielt an die Umwelt abzugeben (放出, Hōshutsu). Die Effizienz, Reichweite und Durchschlagskraft eines Jutsu hängen stark von der Fähigkeit des Shinobi ab, die Parameter seines Chakra gekonnt zu verändern. Erst durch Kombination von Gestalt- und Elementenmanipulation entsteht die sehr große Fülle an unterschiedlichen Jutsu. Allein durch Elemenentmanipulation wäre die Auswahl um einiges eingeschränkter.
