Durch Elementenmanipulation (性質変化, Seishitsuhenka, dt. etwa "Naturveränderung") wird das Chakra in seinen grundlegende Eigenschaften, seiner "Natur" verändert. Alle Jutsu, die beispielsweise ein bestimmtes Element einsetzen, haben also unabhängig von der Gestalt des Jutsu auf dem Element basierende ähnliche Eigenschaften. Elementmanipulation ist genauso wie Gestaltmanipulation ein Bestandteil der Abgabe des Chakra aus dem Körper heraus.
Es exisitieren fünf Hauptelemente, mit denen der Anwender die Eigenschaften seines Jutsu verändern kann, wobei diese jeweils einem anderen unterlegen sowie einem weiteren überlegen sind. Daneben ist es Besitzern eines bestimmten Kekkei Genkai auch möglich, zwei bestimmte Arten der Elementenmanipulation zu kombinieren, um so ein neues Element zu erschaffen. Beispiel hierfür ist unter anderem Yamato, der durch die Kombination der Elemente Dōton (Erde) und Suiton (Wasser) das neue Element Mokuton (Holz) bildet und damit dessen Eigenschaften für seine Jutsu nutzen kann.
Um die Elementenmanipulation vollständig zu beherrschen, ist aufgrund der Schwierigkeit normalerweise ein ausgedehntes, langjähriges Training notwendig. Die Trainingsmethode hängt dabei anscheinend von dem zu erlernenden Element ab. Für das Element Fūton beispielsweise erfolgt der Lernprozess für Naruto in drei Schritten, in denen er zunächst die grundlegenden Eigenschaften und das Freisetzen des speziellen Chakra lernt, im Anschluss die Menge des manipulierten Chakra erhöht und letztendlich das Chakra in einem Jutsu anwendet.
