Das Chakra (チャクラ, Chakura) ist die Energie, die der Ninja bündelt, um seine Techniken überhaupt ausführen zu können. Sie ist grundsätzlich in jedem Lebewesen vorhanden, doch erst nach der Ausbildung zum Ninja hat man Zugriff darauf. Diese Energie wird aus zwei verschiedenen Arten von Kräften zusammengesetzt, zum einen aus der körperlichen und zum anderen aus der geistigen Kraft. Die körperliche Energie steckt bereits in jedem Ninja. Sie verteilt sich auf alle Zellen im ganzen Körper und kann durch körperliche Tätigkeiten trainiert werden. Die geistige Energie kann nur im Laufe der Zeit und durch Erfahrungen erweitert werden.[1]
Jede Technik verbraucht Chakra, die eine mehr, die andere weniger. Das Chakra dient sozusagen als "Benzin", um den "Technik-Motor" zum Laufen zu bringen. Wendet der Ninja nun ein Jutsu an, muss er zuerst genügend Chakra sammeln.
Dazu vereint er in seinem Inneren seine körperlichen und geistigen Kräfte und "presst" sie zusammen, wodurch sie verwirbelt werden.[1] Die Drehrichtung kann man laut Jiraiya am Haarwirbel eines Menschen erkennen.[2] Dann kann das Chakra im Inneren des Körpers durch die Keirakukei (経絡系, "verflochtenes Durchflusssystem"), den Chakrabahnen, zu den Tenketsu (点穴, wörtlich "Punktloch") fließen, von denen jeder Mensch 361 Stück besitzt. Durch diese Chakraaustrittspunkte kann die Energie dann abgegeben und für Jutsu verwendet werden. Dieser Prozess zehrt jedoch an der "Ausdauer" (スタミナ, stamina) des Nutzers.[3][4]
Die Anwendungsmöglichkeiten dieser Energie sind äußerst vielfältig, denn nicht nur für Jutsu kann Chakra benutzt werden, auch ist der Shinobi damit in der Lage, seine körperlichen Eigenschaften wie Stärke oder Geschwindigkeit erhöhen,[5] die Charakteristika von Gegenständen und Objekten zu verändern,[6] übers Wasser zu gehen oder generell Einfluss auf die physikalische Umwelt zu nehmen.[7]
Die Grundlage der Jutsu ist das Chakra, eine Mischung der Energie, die in jeder einzelnen Zelle des Körpers steckt und der spirituellen Energie, welche aus Erfahrungen gewonnen wird. Dieses Chakra fließt nun durch ein System, das ähnlich dem Adernetz für das Blut des menschlichen Körpers ist, zu einem der 361 Chakrapunkte. Dort kann man dann einen Effekt hervorrufen, wie z.B. das Gehen über Wasser.
Abhängig vom Verhältnis physische/spirituelle Energie können verschiedene Arten von Chakren entstehen. Chakren, die auf den Elementen Erde, Feuer, Blitz, Wasser und Wind basieren, sind die am häufigsten verwendeten Arten. Mit solch einem Chakra kann man schließlich ein jeweiliges Jutsu benutzen (z.B ein Feuerjutsu). Jedes Jutsu hat seine Stärken und Schwächen.