1. Hellblau: Wird von allen Ninjas eingesetzt. Dieses Chakra ist das normale Chakra, das jeder Ninja bilden kann. Im Manga ist es allerdings gelb. Es wurde im Anime zu einem hellen Blau.
2. Elementchakra(Unterschiedlich): Wird von vielen Ninjas eingesetzt. Dieses Chakra wird für alle elementbasierten Techniken verwendet. Je nach Element besitzt die Erzeugung von elementarem Chakra einen anderen Namen.
3. Rot-orange: Bekannte Anwender sind Naruto Uzumaki,Sora,Killer B und Utakata. Das rote Chakra können nur Jinchūriki benutzen, wenn sie das Chakra des versiegelten Bijū freilassen. Es ist viel stärker als normales Chakra und besitzt oft eine bösartige Ausstrahlung.
4. Violett: Anwender sind Ninja die das Juin(Fluchsiegel) von Orochimaru erhalten haben. Über diese Chakra-Art ist nicht viel bekannt. Es wird bei einer Person sichtbar, bei der sich das Juin ausbreitet.
5. Grün: Anwender sind Iryōnin. Das grüne Chakra wird nur von Heil-Ninja genutzt und es ist nicht viel darüber bekannt.
6. Weiß: Anwender ist der Hatake-Clan. Man kann das weiße Chakra nur benutzen, wenn man das Hatake-Familien-Tanto besitzt. Es gehörte ursprünglich Kakashis Vater Sakumo Hatake, wurde aber dann an Kakashi weiter vererbt.
7. Purpure: Anwender sind Hoshi-Nins. Dieses spezielle Chakra wird von Ninja aus Hoshigakure benutzt, die das Sternentraining beendet haben oder gerade dabei sind, es zu absolvieren.
8. Chakra für Senjutsu (Unbekannt): Anwender sind Jiraiya und Naruto. Dieses Chakra wird nicht nur aus der körperlichen und geistigen Energie des Ninja, sondern auch aus der Energie der Umgebung geformt. Man benötigt diese Art des Chakra, um die sogenannten Senjutsu anwenden zu können.
Durch Elementenmanipulation (性質変化, Seishitsuhenka, dt. etwa "Naturveränderung") wird das Chakra in seinen grundlegende Eigenschaften, seiner "Natur" verändert. Alle Jutsu, die beispielsweise ein bestimmtes Element einsetzen, haben also unabhängig von der Gestalt des Jutsu auf dem Element basierende ähnliche Eigenschaften. Elementmanipulation ist genauso wie Gestaltmanipulation ein Bestandteil der Abgabe des Chakra aus dem Körper heraus.
Es exisitieren fünf Hauptelemente, mit denen der Anwender die Eigenschaften seines Jutsu verändern kann, wobei diese jeweils einem anderen unterlegen sowie einem weiteren überlegen sind. Daneben ist es Besitzern eines bestimmten Kekkei Genkai auch möglich, zwei bestimmte Arten der Elementenmanipulation zu kombinieren, um so ein neues Element zu erschaffen. Beispiel hierfür ist unter anderem Yamato, der durch die Kombination der Elemente Dōton (Erde) und Suiton (Wasser) das neue Element Mokuton (Holz) bildet und damit dessen Eigenschaften für seine Jutsu nutzen kann.
Um die Elementenmanipulation vollständig zu beherrschen, ist aufgrund der Schwierigkeit normalerweise ein ausgedehntes, langjähriges Training notwendig. Die Trainingsmethode hängt dabei anscheinend von dem zu erlernenden Element ab. Für das Element Fūton beispielsweise erfolgt der Lernprozess für Naruto in drei Schritten, in denen er zunächst die grundlegenden Eigenschaften und das Freisetzen des speziellen Chakra lernt, im Anschluss die Menge des manipulierten Chakra erhöht und letztendlich das Chakra in einem Jutsu anwendet.
Lässt nun der Shinobi sein Chakra so ausströmen, dass es eine bestimmte Form annimmt und eventuell sogar beibehält, so nennt man diesen Prozess Gestaltmanipulation (形態変化, Keitaihenka, wörtlich etwa "Formveränderung"). Das Jutsu wiederum erhält somit gewisse besondere Eigenschaften. Das Rasengan zum Beispiel ist eine Technik, die ihre Stärke völlig durch die Gestaltmanipulation, also die Art und Weise, wie das Chakra in seine schnell drehende und sich verwirbelnde, aber dennoch komprimierte Form gebracht wird, erhält.
Generell wird das Chakra nun nicht einfach wahl- und ziellos an die Umgebung abgegeben, sondern muss in gewisse Bahnen gelenkt oder fokussiert werden, um den gewünschten Effekt zu erzielen. Hierzu stehen dem Shinobi zwei grundsätzliche Methoden zur Verfügung, die Gestalt- und die Elementmanipulation des Chakra. Bei der Ausführung eines regulären Jutsu sind beide Methoden bereits ein integraler Bestandteil der Technik und werden automatisch mitangewendet, die Fokussierung des Chakra findet auch unter Anderem durch die Verwendung der Fingerzeichen statt. Chakra ist normalerweise eine recht flüchtige Energie, die schnell verfliegt, jedoch kann der Ninja Einfluss auf sie nehmen, nachdem er gelernt hat, den Chakrafluss im Körper zu regulieren (チャクラ調節, Chakra control) und das Chakra gezielt an die Umwelt abzugeben (放出, Hōshutsu). Die Effizienz, Reichweite und Durchschlagskraft eines Jutsu hängen stark von der Fähigkeit des Shinobi ab, die Parameter seines Chakra gekonnt zu verändern. Erst durch Kombination von Gestalt- und Elementenmanipulation entsteht die sehr große Fülle an unterschiedlichen Jutsu. Allein durch Elemenentmanipulation wäre die Auswahl um einiges eingeschränkter.
Jūbi ist der Ursprung der neun bekannten Bijū. Der Rikudō Sennin versiegelt das Chakra des Monsters in sich selbst und teilt es kurz vor seinem Tod in neun Teile auf, aus denen schließlich auch die neun heute bekannten Bijū entstehen. Der leere Körper des Jūbi wurde nach der Versiegelung des Chakras an den Himmel gebannt, wo er zum Mond geworden ist.
Madara will den Jūbi wiedererwecken, um ihn für seine "Operation: Mondauge" in sich selbst zu versiegeln. Jūbis Auge enthält Tomoen wie beim Sharingan, wobei diese in drei konzentrischen Kreisen ähnlich denen des Rinnegan angeordnet sind. Außerdem besitzt es Ähnlichkeiten mit Madaras neuer Maske.